Je rejoins en partie l'avis de Kentaro, avec plusieurs différences.
J'huile (régulièrement) mes planches à découper à l'huile minérale. J'imagine que ça limite la pénétration de l'eau et donc que cela doit augmenter la durée de vie de la planche, mais surtout que ça limite la coloration de la planche, après avoir coupé du chorizo ou autres aliments très colorés.
Concernant les études scientifiques, on trouve sur le net de multiples références à un professeur Cliver, qui aurait montré que les bactéries meurent rapidement à la surface du bois.
Un résumé sur ce lien.
Je donne le premier lien que Google m'a donné aujourd'hui, mais j'avais fait un peu de recherches il y a quelques années pour ma première planche à découper. Une recherche dans les "vraies publications scientifiques" via un ami enseignant-chercheur m'avait indiqué que ce professeur et cette publication existaient bien, mais je n'ai pas les connaissances nécessaires pour juger le sérieux de la revue l'ayant publié.
En tout cas, ses conclusions allaient très nettement contre les matières synthétiques, car les bactéries ne meurent pas dans les entailles dans du plastique, contrairement aux entailles dans du bois.
Donc au-delà du risque de contamination chimique (que je n'ai pas de compétence pour évaluer, mais personnellement, par principe de précaution, je ne préparerai pas ma nourriture sur de l’époxy, même vendue pour alimentaire), cette étude tend à montrer que les bactéries resteraient plus longtemps sur les zones que tu aurais comblées à l’époxy. Ce qui est un peu l'inverse de ce que tu cherchais à accomplir.
Mon avis sur la question serait donc de laisser les fentes, et de les nettoyer à la brosse.
Et si tu voulais vraiment avoir une surface plane pour faciliter le nettoyage, on pourrait imaginer combler les fentes à la cire d'abeille, à renouveler dans le temps.