"qui trainaient dans le fond du jardin"
Mais le bois est à quelle hygrométrie ???
Tu veux reboucher quelles "aspérités" ? Les joints entre tes pièces, ou autre chose ?
La pâte à bois maison, avec de la poussière et de la colle, j'imagine, c'est "dégueulasse". Je le dis comme je le pense. D'ailleurs, cette tâche sur ta troisième photo, c'est essai de cette pâte à bois ?
La seule chose que j'imaginerai à reboucher, ce sont les joints, entre les pavés. La solution qui pourrait s'appliquer, avec du bois à une hygrométrie pas forcément des plus adaptées, qui plus est, c'est un jointage type "pont de bateau", avec un mastic fait pour ça... Mais tu risques d'en utiliser quelques kilos !
Pour le Rubio, sur un tel sol, pas convaincu que ça ne résiste bien longtemps. 
Ce choix n'a rien à voir avec l'épaisseur du plan de travail !
(d'ailleurs, tous, ou une grande part sont en 38mm d'épaisseur)
C'est une option qui permet de choisir la profondeur (ou largeur, si tu préfères) de l'usinage, en fonction du profil du chant du PdT. Ou alors pour un choix esthétique.
Avec un très gros arrondi (ou moulure, s'il s'agit de massif), par exemple, il faudra sans doute opter pour ton réglage à 35mm.
Avec un profil du chant plus réduit, on pourra se contenter de 10mm.
Malheureusement, j'ai eu à constater que les divers constructeurs ne tiennent pas trop à avoir un profil "T" standardisé, sur leurs diverses machines.
Ces rainures sont prévues pour accueillir des écrous en T (T-nuts), boulons en T, ou serre-joints de rail adaptés... mais ils préfèrent se réserver la vente de tous ces accessoires, en adoptant ces profils "propriétaires".
Il faut serrer fort, tout simplement !
Le meilleur collage sera constitué de pièces de bois le plus en contact possible, la colle assurant l'adhésion en migrant dans les fibres du bois.
Il ne doit pas y avoir de "joint" à proprement parler, au plus, 0,05 à 0,10mm suivant les préconisations des fabricants de colle.
D'ailleurs, il m'est arrivé de voir des collages avec un joint relativement (trop) épais (en réalité, trop de colle, ou un serrage insuffisant, ou alors une combinaison des deux) qui finissaient par lâcher, s'étirer, du fait du joint mou que constituait alors la colle, sous certaines conditions.
Et bien, c'est bien une doucine, mais des plus simples, sans fioriture supplémentaire.
Tu disposes d'une toupie ? Avec lumière dans l'arbre ?
Avec un fer, ça serait la plus simple des solutions.
Si tu n'en as pas, (de lumière) faire fabriquer des fers pour un porte-outil donné est possible, chez certains affuteurs ou fabricants d'outils, comme Forges de la Loire.
Mais dans des gammes standard, il est souvent difficile, voire impossible de trouver un outil parfaitement identique à un meuble ancien.
Ou alors, se contenter d'un outil approchant, dans gammes existantes.
Il y a bien etiennedesthuilliers, mais il n'est peut-être pas en "proche banlieue", par contre.
Mais c'est le "roi" de la scie à ruban 
Refaire des portes, mais en mélaminé, à poser sur des meubles existant, pour ma part, j'ai eu à le faire. Mais pas sur Ikea.
Ceci dit, la contrainte sera la même, il faudra relever les différents perçages en présence des meubles, du fait qu'il y ait des tas de réglages différents, suivant les fabricants.
Pour les réglages de quincailleries, il me semble qu'Ikea emploie du Blum, donc les modes de réglages sont connus et existent.
Mais inutile de chercher des fiches techniques détaillées sur ces aspects précis, sur les côtes de perçages, chez Ikea.
Ma grosse réserve sera sur l'emploi du "Tebopin", qui est un contreplaqué de résineux déroulé, d'une surface présentant des défauts, et souvent irrégulière... mais aussi sujette aux déformations, difficiles à rattraper. Il y a aussi des traces colles, ou d'un agent anti-adhérent sur les surfaces, car ce sont des panneaux non poncés, après pressage, donc finition difficile.
Après, les goûts et les couleurs, j'admets. Mais le problème le plus gênant est sa tendance à la déformation, fortiori pour des portes de meubles ou de cuisine.
Dommage que tu ne donnes pas plus de côtes, pour ce bureau. Mais d'après les dimensions que tu indiques pour les portes, j'imagine qu'il aurait une longueur totale d'à peu près 1850, et une hauteur 750 (sauf à ce que tu prévoies, en position rétractée, une hauteur hors standard, du fait de ta grande taille).
J'oubliais, dommage aussi que tu ne dises plus sur toi, dans ta présentation, et sur ce qu'est ton expérience... Parce que là, tu t'attaques à un gros défi, en termes de mise au point !
Concernant ta question sur les portes, tu indiques une épaisseur de 27mm, ce qui donnera des portes très lourdes. Déjà, il faudrait réduire cette épaisseur, ou trouver un matériau léger, pour réduire cette contrainte.
Impossible de mettre un système de rail ou suspente, sauf à être visible ou gênant au sol, donc on oublie.
La solution que je vois, serait d'équiper les portes "centrales" d'un appui, une roulette multidirectionnelle au sol, afin de soulager le poids et éviter/limiter les porte-à-faux et déformations, lors des manœuvres d'ouverture.
Plus un système de loqueteaux magnétiques, éventuellement placés et noyés dans un tasseau sous ton plateau, pour être plus discret. Ceci dans le but d'assurer la meilleure planéité possible, une fois les portes fermées.
Pour le reste, tu ne prévois qu'un seul mécanisme de montée/descente, en extrémité gauche, pour chacun des plateaux ? Ou tu n'as représenté que ceux-là, pour plus de visibilité ???
S'il n'y en a qu'un seul, je te conseille fortement de faire un prototype de motorisation complet, c'est-à-dire avec les plateaux en tailles et en poids réels. Parce que ça risque d'être très souple, avec une longueur de 1800... voire inutilisable, du fait de cette souplesse.
Pour le choix des matériaux, il vaudrait mieux privilégier des solutions les plus légères possibles, tout en étant rigides, au moins pour ces plateaux et les portes, avant de se préoccuper de la finition. Ça n'est pas le premier des problèmes que tu as à résoudre.
Du placage "d'occasion" ?!?!?
Suivant les sections que tu veux en tirer, pour tes moulures de cadres, la question n'est pas idiote.
Tu peux très bien dégauchir une face, puis raboter l'autre, avant de déligner. Et ensuite finir le corroyage sur les faces sciées. Ça peut représenter un gain de temps, de facilité, et d'un peu de matière.
Suivant le volume concerné, il est possible de créer une enceinte, avec une bâche plastique, par-dessus, et le plus étanche possible au sol, et un récipient avec du xylophène ou équivalent, en dessous. Laisser séjourner le bois ainsi dans cette enceinte plusieurs jours, voire semaines.
S'il y reste quelques bestioles, elles n'apprécieront pas !
Un autre solution détournée, la poche sous vide. En quelques minutes de ce traitement, les vers encore présents y sont desséchés !
Pour l'utilisation, à une époque, on en aurait fait des meubles, sans nécessité d'y créer des trous de vers factices, et autres fausses traces d'usure ou d'usage, comme on le faisait alors (pour les pièces les moins dégradées, au moins).
Mais aujourd'hui, de genre de faux ancien n'est plus très en vogue. Donc, à moins que tu lui trouves un usage pour lequel ces trous ne seront pas gênants...
Tu n'es pas décidé, mais tu viens demander conseil sur que tu dois décider...
Et mêmes remarques que 6LV1, sans avoir plus d'informations sur ce tu es, tes besoins, ton activité, impossible de te répondre.
A noter qu'il existe plusieurs types de mortaiseuses dites à bédane (bédane carré, Alternax, bédane vibrant type Maka, etc, sans détailler leurs différentes versions)
Et bien, ton idée de montage d'usinage ne devrait pas être mal...
Par contre, au vu de la taille de ce montage, tu te guides comment ?
Avec un montage moins large (donc moins lourd et moins difficile a deplacer) et si tu te guidait sur le guide parallèle, ça faciliterait, et par voie de conséquence, ameliorerait l'usinage, non ?
Et avec une si petite section, pour ce profil rond, est-il vraiment indispensable d'y adjoindre une pareclose si "microscopique" ? Il ne serait pas possible d'y emboîter directement le verre, éventuellement collé ?
"me faciliter la tâche dans le décapage de menuiserie"...
Mais en tant qu'amateur, ou dans le but de démarrer une activité pro ?
Quel type de "menuiserie" souhaites tu décaper ? Quel revêtement(s) actuel ?
Je ne connais pas plus que ça le sujet, mais j'ai un collègue pro qui fait ce genre de prestation, depuis plusieurs d'années maintenant. Mais ça nécessite un matériel sérieux, et il a dû également découvrir, tester et apprendre, pour avoir la maîtrise qu'il a aujourd'hui.
Mais il arrive à décaper sans souci des surfaces en placage bois, par exemple.
Problème assez récurrent, notamment sur les Robland...
Et solution qui est toujours la même : rechercher, contrôler tous les contacts de sécurité. C'est souvent à ce niveau qu'est le problème. Ceux qu'on oublie souvent sont ceux de la raboteuse qui empêchent la mise en marche si les tables sont ouvertes, et tant que le capot supérieur n'est pas rabattu.
Il n'est pas du tout indispensable d'assembler tout ça avec des pièces de bois, aux jonctions. Ça peut se realiser uniquement en panneaux, avec des coupes précises, et un assemblage de type mi-bois (ou mi-panneau, ici) au croisement central.
Dans un tel cas, je partirais d'ailleurs sur du cp bouleau 18mm partout.
J'ai déjà réalisé ce genre de modules, de la sorte, que ce soit en massif triply, ou même en méla.
A moins que ces pièces de jonction soient un parti pris esthétique, ou alors, que tu n'aies pas la possibilité de fabriquer des pièces précises en dimensions, et en angle.